1、依法安排加班加点，保障员工权利。
   2、制定有效加班管理办法等规章制度，控制加班成本。
   3、运用调休、合理安排员工休息休假。
   4、合理使用特殊工时制。
   5、加班申请单一式两份，注意留存。
  （一）加班申请单的法律性质
   加班申请单是单位根据规章制度用于控制加班成本，核定员工加班费用的法律文书。在发生有关加班的劳动争议时，加班申请单可以作为重要的证据使用。
  （二）加班申请单的正确使用
   1、加班须符合法律规定，保障员工权利
   加班包括两种：一种是单位安排，一种是单位批准。单位安排加班除了法定情形外，应征得工会和劳动者同意，而且加班需要遵守法律限制。
   加班是实际工作时间超过法定工作时间。加班的认定及加班费的计算都有赖于法定工作时间及法定工时制度。有关法定工作时间和法定工时制度的规定散见于《劳动法》、《国务院关于职工工作时间的规定》、《劳动部贯彻〈国务院关于职工工作时间的规定〉的实施办法》、《全国年节及纪念日放假办法》、《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》等法律、法规、规章中。
   2、加班申请单需要以单位规章制度为依据
   加班申请单是单位控制加班成本的重要手段。这一手段是否有效取决于单位是否有相应的加班管理办法等规章制度。加班管理办法的主要内容应包括：平时加班必须是完成工作需要并经过部门主管审批，并以打卡作为考勤记录；加班申请单由部门主管签字确认以后于加班结束后五日内交人事行政部复核打卡记录确定加班小时数；节假日安排或申请加班须部门主管书面提出申请，经总经理批准后方可安排，等等。单位根据自身情况可以进行增减，但基本精神是通过行政审批有效控制加班的长度和质量。
   3、运用调休合理安排员工休息休假
  《劳动法》第44条规定，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资200%的劳动报酬。这意味着，休息日安排劳动者加班的，单位有两种选择：一是安排补休，二是支付加班费。安排补休或支付加班费的选择权在用人单位手中。如果用人单位安排补休的，则不用支付加班费。
   4、有效运用特殊工时制
   正如上文所述，根据员工岗位和工作特点，合理运用不定时工作制、综合计算工时制也可以少支付甚至不支付加班费。少支付不支付取决于各地方的地方性规定。上海、深圳等地规定安排不定时工作制、综合计算工时制员工法定节假日加班的，需要支付三倍加班工资。
   5、加班申请单一式两份，注意留存
  《劳动争议调解仲裁法》第6条规定，发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。加班申请单一式两份，将加班费的举证责任部份转移给员工。如果发生劳动争议，员工如果未能提供加班申请单，将承担不利后果。
   根所法律规定，单位的工资支付记录（包括加班费）应当保存两年。因此，加班申请单单位也应当注意留存。
   另外，还需要提醒注意的是加班工资争议的仲裁特殊时效问题。只要劳动关系没有结束，就不存在时效问题。劳动关系终止的，仲裁时效为一年。
  （三）、案例参考
（一）员工向公司追讨7年加班费49W元
1、基本案情
1997年，尚X进入X公司当电工，双方签订的最后一份劳动合同期限自2005年1月1日起至2005年12月31日。2005年12月31日后，尚X没有到公司上班；X公司发放尚X工资至2005年12月止。不过在2005年8月9日和8月13日期间，尚X受伤。2006年8月2日，经厦门市劳动和社会保障局确认，尚X受伤为工伤。所以劳动合同期满后虽然双方没有再续签劳动合同，但基于尚X是工伤，因此与X公司之间劳动关系仍然保持。
  2006年5月23日，尚X向厦门市劳动争议仲裁委员会申诉，要求X公司支付1997年4月17日至2006年5月22日的加班费40。2W元。厦门市劳动争议仲裁委员会以尚X的请求超过仲裁时效为由驳回其申诉请求，尚X不服裁决，向法院起诉。尚X称，他在X公司每天上班17个小时，周末从来没有休息，但公司只按每天工作8小时发给他工资，从来没有发过加班费，尚X还拿出1997年4月17日至2004年12月31日的考勤记录为证。尚X请求法院判令X公司支付1997年4月17日至2005年12月31日的星期六、日节假日及延长工作时间的加班费工资，合计49。74W元。
  2、法院判决
  一审法院经审理认为，X公司未能提供证据证明尚X1997年4月17日至2004年12月31日的加班及加班费发放情况，也未能提供该时期尚X的工资标准情况，因此判决X公司按尚X提供的标准支付其1997年4月17日至2004年12月31日加班费44。017W元。
  二审法院经审理认为，尚X工作期间的工作岗位实行不定时工时制，不执行法定标准工作时间之外其他工作时间（法定休假日除外）加班费的计算规定，不存在平时（法定休假日除外）加班的情形，所以其相应诉讼请求法院不予采纳。另外，X公司应支付尚X2005年1月1日至2005年12月31日法定休假日加班费620。4元，X公司同意另行补偿尚X2W元。
（二）特殊工时制未经审批须付加班费
1、基本案情
张X是X公司财务人员。由于工作任务较多，尤其是月末、年末更为繁忙，公司常安排其加班，但从未向其支付过加班工资。张X多次向公司申请加班工资，但公司答复张X，按照公司的规章制度所有员工实行不定时工时制，根据法律规定实行不定时工时制的员工，公司无需支付加班工资。张X认为自身的合法权益受到侵害，于2008年6月与公司解除了劳动合同，并于2008年6月向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付工作期间（一年零三个月）的加班工资。公司认为：公司的所有员工实行不定时工时制，因而不需向张X支付加班工资。此外，张X的申诉请求已经超过了申诉时效，劳动争议仲裁委员会应当驳回张X的申诉请求。
2、仲裁结果
劳动争议仲裁委员会经审理认为，公司实行不定时工作制必须符合法律规定的条件并且报劳动保障行政部门审批后方可实施，张X所担任的财务岗位不属于实行不定时工时制的范围，而且未经劳动保障行政部门的审批，因而公司单方实行不定时工作制无法律效力。按照《劳动争议调解仲裁法》的规定，张X的申诉请求并未超过申诉时效，公司应当向张X支付工作期间的加班工资。
四、漳州律师网法条链接
1、《劳动法》
第36条  国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时的工时制度。
第37条  对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第36条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第38条  用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第39条  企业因生产特点不能实行本法第36条、第38条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
第40条  用人单位在下列节日期间应当依法安排劳动者休假：
1、元旦
2、春节
3、国际劳动节
4、国庆节
5、法律、法规规定的其他休假节日。
第41条  用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不超过一小时；因特殊原因需延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不超过三小时，但是每月不得超过36小时。
第42条  有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第41条规定的限制：
1、发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；
2、生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；
3、法律、行政法规规定的其他情形。
第43条  用人单位不得违反本法规定延长劳动者工作时间。
第44条  有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
1、安排劳动者延长工作时间，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2、休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3、法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资百分之三百的工资报酬。
第91条  用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金：（二）。。。。拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；。。。。
2、《劳动争议调解仲裁法》
第27条  劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
3、《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》
第4条  企业对符合下列条件之一的职工，可以实行不定时工作制。
1、企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；
2、企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工；
3、其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。
第5条  企业对符合下列条件之一的职工，可以实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
1、交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；
2、地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；
3、其他适合实行综合计算工时工作制的职工。
第6条  对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应根据《中华人民共和国劳动法》第一章、第四章有关规定，在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工休息休假权利和生产、工作任务的完成。
第7条  中央直属企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的，经国务院行业主管部门审核，报国务院劳动行政部门批准。
地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，报国务院劳动行政部门备案。
4、《国务院关于职工工作时间的规定》（略）
5、《工资支付暂行办法》
第6条  。。。。用人单位必须书面记录支付劳动者工资数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
第13条  用人单位在劳动者劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：
1、用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资；
2、用人单位依法安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资；
3、用人单位依法安排劳动者在法定休假日工作的，按照不低于劳动合同的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动工资。实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，由用人单位安排延长工作时间的，应根据上述规定的原则，分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付其工资。经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间工资。实行不定时工时制度的劳动者，不执行上述规定。
6《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》
1、制度工作时间的计算
年工作日：365天减104天（休息日）减11天（法定节假日）等于250天
季工作日：250天除以4季等于62。5天/季
月工作日：250天除以12月等于20。83天/月
工作小时数的计算：以月、季、年的工作日乘以每天的8小时。
2、日工资、小时工资折算
按照《劳动法》第五十一条规定，法定节假日用人单位应当依法支付工资，即折算日工资、小时工资时不剔除国家规定的11天法定节假日。据此，日工资、小时工资的折算为：
日工资：月工资除以月计薪天数
小时工资：月工资除以（月计薪天数乘以8小时）
月计薪天数等于（365天减104天）除以12月等于21。75天